Los lagos patagónicos son, en general, lagos profundos, con un perfil de la cubeta, en forma de "U" ó "V", muy poco productivos y una visibilidad desde superficie, que oscila entre los 6 m. y 15 m., llegando incluso hasta los 25 m..  El agua es extremadamente limpia, de muy poca salinidad y dureza.  Esto se debe, a que la gran mayoría, proviene de lluvias o deshielos y el suelo de las zonas adyacentes y de las cubetas, por ser de dura roca muy poco soluble, aportan sales e iones en forma muy escasa.

Las bajas temperaturas, la baja cantidad de nutrientes, el perfil abrupto de los valles y la acción de los vientos, impiden el arraigo de vegetación acuática, que en el caso de existir, se limita al breve sector perteneciente a la costa.

Según su ubicación y desembocadura se pueden clasificar en:

Lagos de Cuenca Pacífica: Se trata de lagos pequeños y medianos, productivos, fáciles de navegar, con gran cantidad de bahías y abundante vegetación acuática en sus márgenes, que se encuentran poblados por numerosa cantidad de truchas . Si bien lo ideal es contar con una embarcación, algunos de ellos como el Lago Roca o el Lago Guillelmo son apropiados para la práctica de la pesca desde la costa.

Los lagos  Guillelmo, Mascardi y Lago Los Moscos son, en líneas generales menos rendidores, mientras que el Fonck, el Roca y el Steffen sean más recomendables. Se trata de ámbitos ideales para la pesca con flotadores personales (Belly Boat).

Lagos de Cuenca Atlántica: se destaca el Nahuel Huapi que es un lago de gran tamaño, poco productivo, que no presenta gran abundancia de peces de mediano porte, brinda posibilidades interesantes de cobrar peces de más de 4 kgs., lo cual no es común en el resto de los ambientes.

El sector correspondiente a la provincia de Río Negro se encuentra casi totalmente urbanizado. Se trata de un ámbito ideal para la práctica de spinning y del trolling. Los lagos restantes, el Perito Moreno y el Gutiérrez, no son pesqueros excepcionales pero brindan interesantes posibilidades, sobre todo si contamos con una embarcación.