Sus orígenes se remontan al año 1965, aproximadamente cuando Parques Nacionales construye el primer muelle, al cual bautiza con el nombre de "Modesta Victoria".

Desde 1974 a 1981, dado el auge del turismo de esa época, Parques Nacionales con personal propio construye los muelles hoy denominados Nros. 1, 2, y 3. Luego con la incorporación de cuatro catamaranes de la Empresa Turismo SRL, Parques Nacionales construye los denominados muelles Nros. 4 y 5.

En 1985 el propietario del B/M “Patagonia I", Fernando Galiani, con autorización de Parques Nacionales, construye un muelle de material bautizándose con el nombre de muelle Galiani.

Ya en el 2003 la Empresa Catedral Turismo S.A. realizó una reparación del muelle Nº 4 donde amarra el Catamarán "El Cóndor", colocando un techado que permite el resguardo del pasajero y del equipaje de los pasajeros internacionales.

Los vientos que predominan son del sector Oeste-Noroeste, con intensas precipitaciones de lluvia y nieve principalmente entre los meses de junio a agosto, época en la que se restringe la navegación comercial y deportiva.

La amplitud operativa del puerto está circunscripta a la actividad turística en el lago Nahuel Huapi, desde donde embarcan anualmente, aproximadamente 350.000 pasajeros a los diferentes circuitos turísticos, ubicados dentro del Parque Nacional Nahuel Huapi (Isla Victoria, Puerto Anchorena, Arrayanes y Puerto Blest-Cascada Los Cántaros), sumándose a esta última excursión el cruce de lagos a través del Lago Félix Frías con destino a Peulla (República de Chile).

La actividad que se desarrolla a través de este puerto es el transporte de pasajeros que realizan excursiones a los distintos itinerarios marcados por la Administración de Parques Nacionales.

Su nombre, según los lugareños refiere a que en el primer viaje efectuado por la motonave "Modesta Victoria", al zarpar dicha nave del puerto, los familiares de los pasajeros saludaban a éstos con un pañuelo en la mano, bautizándose posteriormente como Puerto Pañuelo.