La detección de pesticidas en los sedimentos es difícil sin conocimiento previo de los pesticidas comerciales que se han usado históricamente en la región. Sin embargo, se realizó la extracción sólida de pesticidas organoclorados y organofosforados comunes en muestras de agua tomadas en cada uno de los sitios. Podría haber trazos de otros pesticidas, pero no se exploraron.

La tabla 5 reporta el número limitado de niveles detectables de estos pesticidas. Sólo cuatro sitios tienen niveles detectables de pesticidas y en todos ellos fueron encontrados en niveles bajos (es necesario recordar que el muestreo se realizó en junio cuando no se realizan curas en el Valle). Los cuatro sitios fueron las plantas procesadoras de fruta (M2 y M10), la zona del asentamiento debajo del puente sobre el río Neuquén (M4) y la descarga P-IV de desechos de General Roca (M11). El número más alto fue precisamente el de la descarga de la ciudad de General Roca confirmando que este es el sitio más contaminado de los testeados en este estudio.