El cambio en el sistema de retenciones a los granos y sus subproductos no perdonó al biodiésel, cuya materia prima fundamental es hoy el aceite de soja. En una resolución distinta (126/08) de la que establece el plan de retenciones móviles por cuatro años, el gobierno estableció que el biocombustible tendrá ahora que tributar un 20% de su valor, fijo, en concepto de derechos de exportación, alícuota que hasta ahora estaba establecida en 5%. De este modo, el porcentaje se cuadruplicó, a la vez que se redujo la brecha que lo separaba del aceite, que antes tributaba 32% y ahora cerca de 40% (más complicado, ver nota adjunta "Coyuntura no del todo favorable").

La medida parece perjudicar fuerte a esta incipiente industria exportadora, hoy constituida básicamente por dos firmas, de cuatro aceiteras que operan en dúos binacionales: Renova (de Vicentín y Glencore) y Ecofuel (de Bunge y AGD).