Luego de pasar por el Collegium Musicum de Buenos Aires y el Camping Musical Bariloche, Facundo Agudín se graduó de director de orquesta en la Universidad Católica Argentina, donde fue alumno de Roberto Caamaño, y se perfeccionó en canto en la Schola Cantorum Basiliensis con Dennis Hall y Jeanne Roth. Además de conducir la Sinfónica Patagonia, dirige artísticamente la serie Musique des Lumières y la compañía lírica Opera Obliqua. En el 2007 recibió el primer premio del Colin Metters Masterclass junto a la Sinfónica de San Petersburgo y fue invitado a dirigir la Filarmónica de Kislovodsk, Rusia; la Sinfonieorchester Bienne, Suiza; la Prague Chamber Orchestra (08), la Filarmónica de Buenos Aires (Teatro Colón, 08/09) y la State Opera Orchestra de Armenia, donde fue director invitado de la Ópera Nacional entre el 2006 y el 2008. Ha conducido la Orchestra CRT Torino, los coros de la Unión Europea, la Sinfónica Aosta, la Orchestra Classica Italiana Torino y la Basel Sinfonietta.
"Don Giovanni", "Las bodas de Fígaro", "La flauta mágica" y "Un tango pour Monsieur Lautrec" son sus últimas producciones líricas. Ha dirigido dos estrenos mundiales de Andreas Pflueger: la ópera "Der schwarze Mozart" (Basilea, 06) y el "Doble concerto para cémbalo y bandoneón" (Praga, 08), tres estrenos mundiales sinfónicos de Christian Giger ("Ange", "Les illusions de la chambre bleue", "Un rêve de silence"), el reestreno de Capricorne de Jacqueline Fontyn (Praga, 08) y el estreno mundial de Réquiem de Christian Favre en coproducción con el Colón. En julio del 2010 dirigió la ópera Julio César de Jorge Federico Händel en el Teatro Argentino de La Plata con Paula Almenares y Cecilia Díaz.
