Representantes de los gobiernos latinoamericanos alertaron sobre el posible impacto negativo de los biocombustibles en la disponibilidad de alimentos y la protección del medio ambiente en la región, aunque el tema es polémico y otros consideran que se exagera su impacto negativo y se ocultan sus beneficios para los más pobres. El tema fue abordado en las discusiones previas a una conferencia latinoamericana de la Organización de las Naciones Unidas para la Alimentación y la Agricultura (FAO), en Brasilia, donde se presentó un documento que plantea riesgos y oportunidades para la región con los biocombustibles.

Para los detractores, el principal riesgo es que la tierra cultivable se destine a suplir necesidades energéticas en lugar de la alimentación y que se despejen áreas boscosas que deben ser protegidas con el fin de aumentar la siembra de productos utilizados para la fabricación del etanol. De hecho, la FAO y el Banco Mundial han señalado como uno de los causantes del aumento de precios alimenticios la política estadounidense de producción de etanol a base de maíz. Más drástico fue el relator especial de la ONU para el derecho a la alimentación, el suizo Jean Ziegler, quien consideró "un crimen contra la humanidad" la producción masiva de biocarburantes. "Si se lanza una política de biocombustibles en Estados Unidos gracias a subsidios de 6.000 millones de dólares y esos biocombustibles suponen retirar 138 toneladas de grano del mercado, se está cometiendo un crimen contra la humanidad", acusó Ziegler. "Sin seguridad alimentaria no se puede pensar en biocombustibles'', advirtió el viceministro venezolano de Desarrollo Rural, Gerardo Rojas.

Sin embargo, el presidente brasileño Luiz Inácio Lula da Silva dijo que los biocombustibles no son el "villano" que amenaza la seguridad alimentaria de los países pobres y sí una herramienta para el desarrollo económico de esas naciones. Lula afirmó que los biocombustibles, "desarrollados de forma criteriosa y de acuerdo con las realidades de cada país, pueden generar ingresos e inclusión social. El verdadero crimen contra la humanidad será descartar a priori los biocombustibles y relegar a los países estrangulados por la falta de alimentos y energía a la dependencia y la inseguridad", dijo el mandatario brasileño. Lula mencionó su "creciente espanto" ante el coro de críticas a los biocombustibles "cuando constato que son pocos los que mencionan el impacto negativo del aumento del petróleo en los costos de producción o que muy pocos se levantan contra el impacto nocivo de los subsidios y del proteccionismo agrícola" de los países ricos. Los brasileños defienden que su producción está exenta de esos problemas porque su etanol es generado con caña de azúcar y el país no ha dejado de ser un gran productor y exportador de alimentos.