El contagio dependerá del tipo de micosis. Algunos agentes como la candida o la malassezia pueden ser convivientes sin manifestarse la enfermedad si la persona no tiene factores que la predispongan.

En el caso de los dermatofitos zoofílicos, el que contagia es el perro o el gato, en tanto que las formas antropofílicas son por contacto interhumano.

De acuerdo a lo explicado por Pueyo, existe un grupo de micosis invasivas (candidiasis diseminada aguda o crónica, aspergilosis, fusariosis o zigomicosis) que generan procesos en los que los hongos afectan los tejidos profundos, las vísceras o se diseminan por vía sanguínea. Pero para que se produzcan se necesitan factores predisponentes. Los neonatos de bajo peso, niños o adolescentes con enfermedades inmunodepresoras o que deben recibir alimentación parenteral son los más vulnerables.