Pese a ser una obra muy anhelada por los barilochenses, la forma en que se pretendió llevar a cabo el proyecto mereció más de una crítica. Las objeciones surgieron a partir de conocerse los términos del contrato, publicados en "Río Negro". Luis Alfredo Lutz, concejal barilochense entre 1985 y 1987 y actual miembro del STJ rionegrino, sostuvo que "en el afán de hacer, la administración municipal actuó de buena fe, pero en forma apresurada, improvisada e ingenua". Dijo que el contrato "adolece de vicios institucionales, políticos y jurídicos".

El abogado se declaró a favor de la construcción del puerto San Carlos "y de otros, que sean necesarios", pero objetó la forma en que se firmó el contrato, ya que incluyó cláusulas no previstas en el pliego de licitación. En particular criticó la "subordinación de la mecánica operativa a que se den condiciones inexistentes al tiempo de la licitación, la adjudicación y la redacción del contrato, sobre un compromiso muy liviano de Parques Nacionales."

También objetó "la introducción no contemplada expresamente en la licitación de una exclusividad que comporta una práctica monopólica, restringe las posibilidades de crecimiento y somete a la municipalidad a un condicionamiento por veinte años, cuando la propia realidad indica que hay actos administrativos firmes y en ejecución que autorizan al uso de puerto Pañuelo".

A su criterio el problema comercial devino del desacuerdo entre dos empresas privadas, una de las cuales "quiere preservar sus privilegios consolidados en la época del proceso militar, merced a la participación en la misma de un ex general represor, a través de quien obtuvo significativas ventajas en Parques Nacionales y en el Banco de la Provincia de Río Negro, que pone palos en la rueda a una obra necesaria en la región; y la otra, que quiere extender sus actividades de la especulación financiera hacia el ámbito de la obra y los servicios públicos, invocando declamatoriamente propósitos loables". "Ambas intentan ejercitar prácticas monopólicas y especulativas, en nombre de las garantías institucionales y la libre competencia", afirmó.

El letrado recomendó acordar con la APN, en forma clara y concreta, la forma en que operaría el nuevo puerto.

Al respecto destacó que "circuitos, tarifas y peajes en el Nahuel Huapi son materia de acuerdo entre las autoridades públicas y no de negociaciones entre particulares" y también criticó a los funcionarios involucrados, que tildó de "inoperantes", más proclives a preservar espacios de poder que a realizar actos administrativos objetivos y serios".